François Bayrou a soutenu mercredi la secrétaire d'Etat à l'Ecologie, Nathalie Kosciusko-Morizet, qui a provoqué une crise gouvernementale à l'occasion du projet de loi OGM. En effet, Nathalie Kosciusko-Morizet a dénoncé mercredi dans Le Monde un "concours de lâcheté et d'inélégance" dans son camp au sujet du texte OGM, visant son ministre de tutelle Jean-Louis Borloo et Jean-François Copé, président du groupe UMP à l'assemblée. "Elle a été courageuse et sympathique dans la prise de position qui a été la sienne", a déclaré François Bayrou à l'issue de la séance des questions au gouvernement. "Elle a été plus franche que la plupart de ceux qui s'expriment et je trouve que ça mérite un coup de chapeau", a-t-il poursuivi. "Elle apporte de la fraîcheur dans un monde en décomposition, à ce titre je la salue". La secrétaire d'Etat à l'Ecologie ayant présenté ses excuses, dans un communiqué, à la suite d'une réunion d'urgence du groupe UMP à l'Assemblée à propos de la polémique autour du projet de loi OGM, François Bayrou s'est interrogé: "Vous connaissez les régimes qui exigent des excuses? S'il y a des excuses, ce n'est pas un signe de très bonne santé". François Bayrou a par ailleurs indiqué qu'il allait voter contre ce texte, finalement adopté à une courte majorité (249 voix contre 228).